Το Ειδικό Δημοτικό Σχολείο Αγίου Νικολάου, ιδρύθηκε το 1987 (ΦΕΚ156/Α/27-08-1987). Σύμφωνα με τις μαρτυρίες των ανθρώπων της πόλης, λειτουργούσε στο ισόγειο του παλαιού κτηρίου του 2ου Δημοτικού Σχολείου Αγίου Νικολάου, περίπου έως το σχολικό έτος 2001-2002. Μετά το συγκεκριμένο σχολικό έτος, έχει μετεγκατασταθεί (Αρ. Οικοδομικής άδειας, 168/14-10-1997) στο Αμμούδι, όπου λειτουργεί αδιαλείπτως έως και σήμερα.

Στο Ειδικό Δημοτικό Σχολείο Αγίου Νικολάου, φοιτούν μαθητές/τριες με αναπηρία ή/και ειδικές εκπαιδευτικές ανάγκες (νοητική καθυστέρηση, αυτισμός, κινητικές δυσκολίες, ψυχοσυναισθηματικά και συμπεριφορικά προβλήματα, αναπτυξιακές διαταραχές κ.λπ.) ηλικίας οκτώ (8) έως δεκατεσσάρων (14) ετών, με δικαίωμα παράτασης (με εισήγηση του Κ.Ε.Σ.Υ.) ενός ακόμη έτους μέχρι τα δεκαπέντε (15), κατόπιν γνωμάτευσης του Κ.Ε.Σ.Υ. (Κέντρο Εκπαιδευτικής και Συμβουλευτικής Υποστήριξης).